使用例

PCR産物の精製

  • PCR産物からのDNAが4分間で分離精製
  • フラグメントDNA(35~35,000bp)の回収率は80~95%
  • プライマーの除去率は95%以上dNTP、ポリメラーゼの除去率は100%
  • ミネラルオイルの除去不要
  • 10µLのTris-HClバッファーあるいは水で溶出
  • DNA結合能力 10µg

イオン交換クロマトグラフィーによる400bpDNAのクリーンアップ効果の比較(CIM DEAE DISK)
市販製品による精製では、プライマーが残っているが、MonoFasによる精製では、プライマーをほとんど除去できる。

イオン交換クロマトグラフィーによる400bpDNAのクリーンアップ効果の比較(CIM DEAE DISK)の図

アガロースゲルの精製

  • アガロース(TAEおよびTBEバッファー)ゲルからのDNAが9分間で分離精製
  • フラグメントDNA(35~35,000bp)の回収率は70~80%
  • 10µLのTris-HClバッファーあるいは水で溶出
  • ヨウ化ナトリウムを使わないので精製後の反応に悪影響がない
  • 1回で最大1gのゲルが処理可能

1%アガロースゲル電気泳動による精製効率比較
精製前①、MonoFas精製後②、市販製品精製後③の比較解析。市販製品に比べて、高い回収率が得られる。

1%アガロースゲル電気泳動による精製効率比較の図
精製されたPCR産物の正確なシーケンシング分析の図

製品内容

(MonoFas DNA精製キットI 50個入りの場合)

スピンカラム50個
コレクションチューブ50個
吸着Buffer A30mL
洗浄Buffer B40mL
溶出Buffer C10mL
取扱説明書1部

仕様

項目PCR産物からの精製アガロースゲルからの抽出
標準操作時間4分間9分間
最大DNA結合量10µg10µg
最大ゲル処理量1 g
最小溶出量10µL10µL
カラム容量1mL1mL
DNA処理範囲35bp~35kbp35bp~35kbp
回収率>90%(100bp~5kbp)
>60%(5kbp~35kbp)
>80%(100bp~5kbp)
>50%(5kbp~35kbp)
プライマー除去率95%

MonoFas®DNA精製キットⅠ プロトコル

PCR産物の精製プロトコル

本プロトコルを用いるとPCR反応液から増幅産物のみを精製することができます。

PCR産物の精製プロトコル

注意事項

  • 工程①
    • スピンカラムに添加前のPCR産物とBuffer Aの混合は不要です。スピンカラムにBufferAを入れて長時間静置すると漏出する場合があります。回収率に影響はありません。
  • 工程④
    • 試料を50µL以上処理する場合は、工程③の後にコレクションチューブ中の溶液を取り除き、洗浄工程に移行してください。
  • 工程⑤
    • シリカモノリスはフィルターがなく通液性がよいため、洗浄後(工程⑤の後)の空遠心は不要です。
  • 工程⑥
    • Buffer Cの組成は、10 mM Tris-HCl +0.5 mM EDTA(Free) (pH 8.5)です。RNase・DNaseフリー滅菌水に置き換えることができます。その場合、pHにより回収率が変動するためアンモニア水や水酸化カリウムなどでpH8.0~8.5に調整してご使用ください。

アガロースゲルからの抽出プロトコル

本プロトコルを用いるとアガロースゲルからフラグメントDNAのみを精製することができます。

アガロースゲルからの抽出プロトコル

注意事項

  • 工程①
    • ゲルは清潔なカミソリやメスを用いてスライスし、余分な水分は取り除いてください。
  • 工程③
    • ゲルが完全に溶解したことを確認してください。ゲルが溶解しない場合は、保温時間の延長、溶解温度の上昇、保温中に攪拌(ボルテックス)を行ってください。
  • 工程⑦
    • 洗浄後(工程⑦の後)の空遠心は不要です。
  • 工程⑧
    • Buffer Cの組成は、10 mM Tris-HCl+0.5 mM EDTA(Free) (pH 8.5)です。オリジナル溶出液としてH2Oも使用可能です。その場合、pHにより回収率が変動するため、使用する溶出液が酸性の場合、アンモニア水や水酸化カリウムを用いてpH7~8.5に調整してご使用ください。

卓上遠心機を用いたプロトコル

MonoFas®DNA精製キットは、『簡易型卓上遠心機』を用いて精製することもできます。本プロトコルは、PCR産物からの精製とアガロースゲルからの抽出の両方に使用できます。『簡易型卓上遠心機』を用いますとPCR産物からの精製は約2分間で、アガロースゲルからの抽出は約7分間で処理できます。

卓上遠心分離機

使用可能な簡易型卓上遠心機
定常回転数6,200rpm以上(±20%)(固定設定)
一定遠心加速度2,000×g以上(19,600m/s2)

卓上遠心機を用いたプロトコル

回転数・回転時間による回収率の変化は見られません。

遠心方法・遠心時間による回収量の変動

高速処理フラグメントDNA:35bp電気詠動写真

フラグメントDNA:35bp

高速処理フラグメントDNA:35kbp電気詠動写真

フラグメントDNA:35kbp

レーン番号項目吸着洗浄溶出
回転数
(rpm)
遠心時間回転数
(rpm)
遠心時間回転数
(rpm)
遠心時間
pHY Marker
1未精製PCR産物
2従来遠心法10,00030秒間10,0001分間10,00030秒間
3従来遠心法10,00030秒間5,0001分間5,00030秒間
4簡易卓上遠心法 2秒間 1分間 2秒間
5簡易卓上遠心法 5分間 5分間 5分間

フラグメントサイズが35bpでも35kbpでもスピンダウンで精製可能です。
ただし、洗浄工程では1分間の遠心が必要です。